2005年，吉林延平司法鉴定所依托延边大学医学院的雄厚的技术力量和先进的仪器设备，经吉林省司法厅批准成立，属于独立法人单位。鉴定人员由延边大学医学院和药学院的具有丰富的司法鉴定、科学研究和教学经历的11名教师所组成，其中教授为5人、副教授为6人，具有博士学位的8人。目前所开展的司法鉴定执业范围为法医临床鉴定、法医病理鉴定及法医物证鉴定。

在医学院领导的正确指导和全体鉴定人员的共同努力下，鉴定所每年完成约800多例公检法等部门委托的司法鉴定案件，并成立以来尚未发生超范围执业、乱收费、虚假鉴定等违法、违纪行为。

2008年被评为延边朝鲜族自治州“优秀司法鉴定机构”，2009年被评为“全国司法鉴定先进集体”，2010年被遴选为“吉林省司法警官学校实训基地”，2019年通过了吉林省市场监督管理厅“CMA资质认定”，2020年被评为吉林省司法鉴定人协会“司法鉴定优秀案例指定提供机构”。